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エンカウント
本作はシンボルエンカウント（敵シンボルがマップ上を動いていて、接触すると戦闘開始）と、ランダムエンカウント（敵はマップ上に見えず、一定距離移動すると確率で戦闘開始）両方とも採用されており、
- シンボルエンカウント：幕末編、近未来編、原始編、功夫編
※原始編はシンボルが動き回っているが、一部を除いて不可視の状態 - ランダムエンカウント：中世編、最終編
※どちらも一部シンボルエンカウントあり
と、なっている。
シンボルエンカウントのシナリオでパーティが2人以上になった場合、主人公キャラ以外にシンボルが接触しても戦闘になることには注意が必要。
なお、西部編、現代編、ＳＦ編は強制戦闘のみとなっている（ＳＦ編はミニゲームという形で戦闘もできる）。
シンボルエンカウントで敵が見える場合は、プレイヤーキャラに接近してきたり、全くランダムで動いていたり、歩行速度も違ったりなどが見ていてわかるはず。誘導してかわすことができる敵シンボルも多く、幕末編ではYボタンの隠れ蓑で隠れてやりすごすことも可能だったりと、ステルスアクションゲームの要素も多い。
ただし攻略上、敵シンボルを避けなければ先に進めない箇所は存在していないため、アクション要素が苦手であっても問題はない。
原始編はシンボルエンカウントながら敵が見えないが、Yボタンで匂いを嗅いで敵の居場所を発見できるようになっている。
隠しボスのキングマンモー以外は移動がゆっくりなので、大抵、急いで匂いの場所に移動すればその敵とエンカウントする。
シンボルエンカウントの場合、敵シンボルが追いかけてくるのは同一マップ内に限る。
つまり、建物の出入りや、扉や階段でマップを切り替えれば、それ以上敵は追いかけてこない。
扉を自ら開いて追いかけてくる敵シンボルも居ない。
更に、マップを切り替えることにより、敵シンボルの位置を初期状態へ戻すことができる。
ＳＦ編のベヒーモスの仕様も同じ。
「逃げる」と「テレポート」
本作では、どのエンカウント方式でも、「逃げる」コマンドが選択できる戦闘なら確実に「逃げる」が成功し、HPや状態異常が全て回復する。
よって戦闘でピンチになったら、一度逃げて状況を立て直すのも、策のひとつである。
ただしシンボルエンカウントの場合は、逃げた後も敵シンボルがすぐ近くにいるため、すぐさま移動するなどの対処が必要になる。
本作では逃げた後、敵シンボルが一時的に停止したり、味方が一時的に無敵状態になるといった処理が一切ないため、味方側に高速で接近してくるシンボルや、狭い場所でのシンボルエンカウントだと、逃げた直後にまたエンカウントされてしまう。それでもしつこく逃げて離れることによりいつかは逃げ切れるようにはなっているが、注意が必要。
幕末編のみ、逃げた直後の画面暗転中にYボタン押しっぱなしで隠れ蓑をすぐ発動し隠れることにより、連続エンカウントは回避できる。
また、「逃げる」ことが可能なボス戦（イベント戦闘）も存在し、この場合は逃げると特殊な展開が見られることがある。
本作において、「逃げる」ことによる重大なペナルティは基本的には存在しない。
むしろメリットも多いので、仕様をきちんと理解して活用していくと良い。
「逃げる」ことによる大きなデメリットが唯一存在するのが最終編で、最終編では「逃げる」（「テレポート」も含む）でトータル100回戦闘から逃げると、隠しボスのデスプロフェットと強制戦闘になる。
逃げた回数を大雑把でも良いので覚えておくなどして、100回逃げるまでにきちんとキャラクターを鍛えておきたい。詳細は最終編攻略に記してある。
テレポート
アキラがパーティに居る時には、全キャラの「逃げる」コマンドが「テレポート」コマンドに変更される。
「テレポート」は、基本的には「逃げる」と同じ機能である。
ただし、近未来編・最終編ともに、「戦闘から逃げること自体は可能だが、一定確率で、ある場所へ飛ばされる」という特徴がある。
またアキラがパーティに居ても、アキラが行動不能な場合（HPが0、石化状態など）の時には「逃げる」コマンドに戻る。
近未来編ではシナリオ進行の都合上、「テレポート」で飛ばされずに済む時期もあるが、それらを含めた「テレポート」の詳細な仕様は、近未来編・最終編の各攻略に記してあるので参照していただきたい。
敵パーティ編成
出現する敵パーティは、シンボルエンカウントの場合、
- シンボルで固定（下の2.～4.以外。ただし、違う敵パーティなのにシンボルが同じで見分けがつかないことも多々ある）
- 主人公のレベルによって固定（近未来編の全体マップ）
- シンボルで固定だが、名前と能力が少しずつ変化（幕末編の人間の敵）
- エリア内・シナリオ進行で設定された敵パーティがランダム（原始編）
ランダムエンカウントの中世編では、マップ及び、シナリオ進行で敵パーティが変化する。
最終編のみ出現する敵パーティの決定方法が特殊で、▶最終編の注意点でも触れているが、味方のレベル合計値で変化していく。
大雑把に言えば、味方キャラの強さ（レベル合計値）によって敵パーティが変化することにより、敵の強さも変動していく仕様である。
敵パーティには「敵パーティレベル」が設定されており、敵それぞれのステータスとしての「レベル」とは別物になっている。
「敵パーティレベル」が関わるのは、戦闘勝利後の獲得経験値量の計算のみである。
「敵パーティレベル」と、味方キャラのレベルと、その戦闘で味方キャラが行動したかどうかから、味方キャラがもらえる経験値が計算されるのだが、それについては▶経験値で詳しく解説している。
ランダムエンカウント率
ランダムエンカウントの中世編、最終編では、マップによりエンカウント率が変化する。
基本的には、ダンジョンなどいかにも危険そうな場所はエンカウント率が上がる。
歩き移動、ダッシュでの2倍速移動、おぼろ丸の4倍速ダッシュ、いずれでも歩数（つまり移動距離）によって確率が変動する。
よっておぼろ丸の4倍速ダッシュだと、他キャラよりも体感としてエンカウントまでの時間が短く思えるかもしれない（が、あくまでも歩数としてはどの移動方法でも同じ）。
ランダムエンカウント率の計算方法などの詳細は世界の合言葉は森部 
様の「ランダムエンカ」にあるので参照していただきたい。
ざっくり説明すると、中世編と最終編のマップにはエリア毎に設定された「危険度」という値が存在しており、歩けば歩くほど増え（危険度合計値）、「危険度」によってランダムエンカウント率が計算される。
エンカウント率の計算に関わる要素は「エリア毎の危険度」と「歩数」だけである。移動速度（歩行かダッシュか）、シナリオの進行度合い、敵味方キャラクターのステータスなどは関わらない（ただし、中世編のみ、中盤の魔王撃破後からルクレチア城脱出まで、全域でエンカウント率が0になる）。
また、「危険度合計値」が32以上の時にランダムエンカウントが起こり（つまりエンカウントしない最低限の歩数もエリア毎に存在する）、「危険度合計値」が160以上に達すると必ずエンカウントが起こる。
「危険度合計値」は敵とエンカウントすると0にリセット。
エンカウントが発生するエリア同士をまたぐ場合、「危険度合計値」は引き継ぎになる。
また、セーブしたデータをロードすると「危険度合計値」もリセット。
このため、「セーブとロードを繰り返してエンカウントを避け続ける」ことも一応は可能である。
つまり「危険度合計値」が32になる前にセーブしてロード、を繰り返せば、一切ランダムエンカウントを起こさずに移動ができることになる。とはいえ、各所の危険度を把握した上で、常に歩数を数えながら進まなければならないことになるから、ザコ戦では必ず逃げられる本作ではタイムアタック等特殊なプレイでも活用できるかどうか怪しいところではある。
ただし最終編では、「100回逃げると隠しボスのデスプロフェットが必ず出現する」ため、状況によってはピンチを脱出するために使えるかもしれない。
ランダムエンカウント率は、
(1-(1-危険度/256)^3)*100（％）
で計算される。
例えば勇者の山なら危険度が「2」と設定されている。1歩進む毎に、危険度が＋2されていくということである。
危険度合計値が32になるのは32÷2＝16なので、16歩移動した時点からランダムエンカウントの計算が開始になる。
16歩目からは、1歩移動する毎に、(1-(1-2/256)^3)*100、だいたい2.3％の確率でエンカウントが起こる。
そして160÷2＝80なので、80歩までにエンカウントが起こらなかった場合は、80歩目で必ずエンカウントが発生して、危険度合計値が0に戻る。
という具合である。
上に記した通りに、「15歩移動したらセーブしてリセット、そのデータをロードして再び15歩移動」を繰り返すと、ランダムエンカウントせず移動することも可能になっている（実用的かどうかは横においておくとして）。
なお、バーチャルコンソール版における中断セーブ（「まるごとバックアップ」機能）では、「まるごと保存」すると「危険度合計値」も保存される。
本作におけるランダムエンカウント率はそこそこ高め。特にダンジョン内では、少し移動しただけで敵とエンカウントするように感じることもあるだろう。
おぼろ丸以外はダッシュ移動だと、だいたい1秒で8歩くらい移動できるのだが、最もエンカウント率の高い最終編の「力のダンジョン」では平均10歩くらいでエンカウントする。つまり1秒くらい移動すると敵とエンカウント、を繰り返すことになる。
さほどエンカウント率が高くない勇者の山でも、平均で47歩程度でエンカウントするので、平均するとだいたい5～6秒のダッシュ移動でエンカウントが発生するということになる。
