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スーパーファミコン版からの変更点

スーパーファミコン版（以降「SFC版」）からの変更点について記す。
SFC版を知っている方向けなので、ネタバレを多数含む。
またリメイク版の仕様を説明している以上、リメイク版のネタバレも含むことになるので注意。
リメイク版が初プレイの方は、次ページの▶基本操作や▶シナリオから読み進めていただきたい。

大まかに言えば、骨格は同じだが、システム面はユーザーフレンドリーになり、戦闘システムにはそれなりに手が入っている。
マップの構造、ストーリー進行フラグはSFC版とほとんど変わらないので、単純にストーリーを進めるだけならば、SFC版攻略を参考にしてもさほど問題はない。隠しボスや隠しアイテム、やりこみ要素などもSFC版とほぼ同じ。
ただし、
「BREAK DOWNで敵を倒してもアイテムを落とす」
「中世編の宝箱を取っても最終編でなくならない」
「アイテム欄の装備品やアイテムの大半を最終編に持ち込めるようになった（詳細は▶アイテム > 最終編へのアイテム持ち込みについてを参照）」
「最終編突入後も他シナリオを再プレイ可能・最終編主人公の選択し直しも可能」
といった、便利な仕様変更があるため、SFC版とは異なる方向で最終編に向けて準備をした方が間違いなく得をする。

戦闘については、SFC版での隠し要素（行動順や行動異常など）が可視化され、ステータスの種類と属性関係が大幅に刷新されている。
大半の敵はSFC版の攻略・知識でも充分に対応できるのだが、SFC版で有効とされた攻略法では倒しにくい敵も存在するので注意。
行動順が行動ゲージという形で判断できるようになったことから、常に敵の側面や背面を取り続けて叩くといった、新たな攻略方法も存在している。
SFC版をプレイ済みの人も、チュートリアルやTIPSにはひととおり目を通し、リメイク版で刷新された要素を利用していくのをおすすめする。

以下では、ビジュアルやサウンド面の違い、ボイス追加等は一目瞭然であるから、特筆すべき点でない限りは省く。
なおボイスについては、ほとんどのセリフにボイスが付いているが、モブキャラのセリフや、システム関係の説明のセリフはボイスがない場合もあり、完全なフルボイスではない。また各シナリオの主人公の名前（功夫編は拳法の名前）をデフォルトにしても、それらはボイス付きで呼ばれることはない。

割と重要と思われることは太字にしたので、SFC版をクリア済の方は太字部分を優先して見ていただきたい。
また、できるだけリメイク版のネタバレを避けたいという方も、太字部分のみさらっと読み流す程度で良いかもしれない。

システム関係用語の変更

SFC版取扱説明書に記載されている名称から変更された用語がいくつかある。

• 「技」→「スキル」
• 「隊形」→「陣形」
• ダメージフィールド（特殊フィールド）→総称は「ダメージ地形」
• 火炎フィールド→火炎地形
• 毒フィールド→毒沼地形
• 水フィールド→冷水地形
• 電撃フィールド→電撃地形
• 状態異常の名称が一部変更。
  石化、酔い、眠り、マヒ、毒、腕かため、足かため
  →石化、酔い、眠り、麻痺、毒、腕封じ、足封じ

ダッシュ機能

キャラクターがデフォルトでダッシュ移動するようになり、Bボタン同時押しでのダッシュは廃止。
L/左スティックを少し傾けることで歩き移動になる。
方向キーでの移動は常にダッシュ移動。
また、ダッシュ移動の速度は全キャラ共通となり、SFC版ではおぼろ丸のみ4倍速ダッシュ（他キャラは2倍）だったが、廃止となっている。

ステータス

種類が全面的に変更された。それぞれに専用アイコンあり。

• SFC版：レベル、HP、力、体、速、知、攻撃、防御
• リメイク版：レベル、HP、物攻、物防、特攻、特防、素早さ、命中、回避、攻撃、防御

大雑把にいえば、

• 力→物攻
• 体→物防
• 知→特攻・特防
• 速→素早さ
• レベルによって決まっていた命中＆回避→命中、回避

のように変更された、と考えて良い。

敵味方のステータスの値はSFC版から引き継がれていることが多い。
例えば味方キャラの初期レベルや初期ステータスなど。
だが、初期HPが低かった一部キャラについては初期値が引き上げられるなど、調整が入っている。

名称やグラフィックの変更

名称やグラフィック変更の理由は、漢字表記への変更、省略表記の変更、SFC版文字数制限解除、大人の事情と思われるものなどではないかと推察されるが、実際の理由はわからない。
かなりの数にのぼる。
なお発売前のインタビューで、時田貴司プロデューサーは「今回は海外展開もありますから、あちこち変えざるをえなかった点はあります。」と述べている。
参照：『ライブアライブ』時田P、佐々木D、楽曲監修下村陽子氏にインタビュー。「ぜひ最後のエンディングまでお楽しみください！」（時田） | ファミ通.com

名称における例

• 「忍法火炎ぼたる」→「忍法火炎蛍」
• 「Ｃ．Ｈ．ホールド」→「クロスヒールホールド」
• 「スパイラル・ニー」→「スパイラルニー」
• 「くさりかたびら」→「鎖帷子」
• 「尾出手裏剣」→「尾手手裏剣」
  ※これはおそらく誤字の修正
• 「ＭＫバッジ」→「ＭＫバッヂ」
  ※SFC版取扱説明書は「ＭＫバッヂ」表記、SFCゲーム版では「ＭＫバッジ」表記だったが、リメイク版では「ＭＫバッヂ」に変更
• 「サーベルタイガ♀」→「サーベルタイガー♀」
• 「ラジコン１号」→「ＲＣ１号」
  ※ラジコンシリーズはすべて同様の変更。なお「ラジコン」という名称は株式会社増田屋コーポレーションが商標権を持っている
• 「アニーのシミーズ」→「アニーの日記」
• 「マリアのベール」→「聖者のベール」
• 「隠呼大仏」→「大隠呼像」
• 「チョトイイデスカ」→「ジャスト　モーメント」、「カーテクダサーイ」→「ウィー　アー　フレンズ」
• 「ハマキ」→「干し肉」、「バーボン」→「薬草」、「テキーラ」→「気付け薬」、「老酒」→「鉄観音茶」
  ※名前だけでなく効果も変更
• クレイジー・バンチ→クレイジーバンチ
• チビッコハウス/ちびっこハウス→ちびっこハウス
  ※SFC版では統一されていなかった表記を統一
• 壽藤兵衛、壽商会→寿藤兵衛、寿商会

グラフィックにおける例

リメイクに当たりリファインされた、または2020年代に販売されるために描き直されたグラフィックとは別に、おそらく権利関係や、企業コンプライアンスといった様々な事情で変更されたと思われる例。理由は発表されていないため不明。

• 現代編における対戦相手選択画面でのマックス・モーガンのイラストが一部変更（ひげがなくなった）
• アキラの「ホーリーゴースト」「ホーリーイメージ」時の精霊が持っていたものが十字架から剣へ変更
• 幕末編の天草四郎が六芒星の魔法陣を使用していたが、全く別の模様に変更

戦闘時における表示

全体的にSFC版よりも詳細な情報・説明が表示されるようになっている（SFC版での戦闘画面の情報表示があまりにも少なかったとも言えるのだが）。

• 技（スキル）の属性やHit数、威力の目安、どのような状態異常になるか、能力増減の有無、待機時間の目安がわかるようになった。
• 敵味方の行動順が「行動ゲージ」で可視化されるようになった。
• 味方キャラのコマンドに、「ステイ」が追加された（SFC版におけるYボタンの時間経過と同一の機能）。敵味方のターンが回ってくるまで連続で選ぶことが可能。
• 敵のステータス（HP、弱点属性、耐性属性、状態異常など）が表示されるようになった。
• 技（スキル）名の前に、属性アイコンが表示されるようになった。

属性アイコン

手：
足：
突：
鋭：
鈍：
締：
飛：
火：
水：
風：
土：
精：
善：
悪：
無：

バトルコマンドの表示方法変更

• 「たたかう」（決定ボタン）→技（スキル）一覧が開く
• 「メニュー」（Xボタン）→「アイテム」「パス」「ステイ」「逃げる」（※アキラが居る時は「テレポート」）

SFC版における、Xボタンで前の技を出すショートカット機能は削除。
「ステイ」はSFC版におけるYボタンでの時間経過とほぼ同一の機能にあたる。

技（スキル）関係

• 敵味方キャラに、技の属性による弱点・耐性が設定された。
  SFC版の回避属性とは仕様が全く異なるが、中には回避属性に設定された属性がそのままリメイク版で耐性になったキャラも居る。例えばおぼろ丸の場合、SFC版の回避属性が精神に設定されていたが、リメイク版でも耐性が精属性になっている。
  なお、味方キャラは耐性のみ設定されており、弱点はない。高原など耐性が存在しないキャラも居る。
• 吹き飛ばし可能な技において、吹き飛ぶ方向の法則性が変更になった。SFC版の吹き飛ばしの説明及び、本作の吹き飛ばしの説明を参照。
• 属性の種類は無属性含め15種類、背属性は廃止
  マザーＣＯＭの「ドライブバック」は背属性だったが、最終編オルステッド主人公でマザーＣＯＭを操作する時、「ドライブバック」は無属性になっていることから、背属性の技は無属性に変更されたと思われる。
• 一部の技の属性の変更。「ヘルイメージ」が精神属性→悪属性
• 敵のHPが常に確認可能になったため、SFC版で「敵の最大HPと現在HPを確認する」効果があったキューブの技「インフォリサーチ」と、攻撃アイテム「天使の小びん」使用時の技「天使のリサーチ」から該当効果が削除された。
• 毒の状態異常時に一部の技が使えなくなる仕様は削除された。手・足封じや酔い状態については、どの状態異常で何のスキルが使えなくなるかはSFC版と同一設定。
• 多段ヒットする技は、1Hit毎のダメージが表示された後にトータルのダメージ量と総ヒット数が表示されるようになった。
• 技の演出はSFC版とほぼ同じものから変更になったものまで様々だが、ハードの進化によりエフェクトが豪華になったものも多い。
• アキラの超能力技の待機時間の変更。全体的に短くなっており、「マザーイメージ」「ヘルイメージ」「フレームイメージ」は待機時間なしになっている。
• 待機時間については「大岩盤激怒割り」なども実用的な範囲で短くなっている。一方でSFC版で強かったと思われた技に待機時間を付けてバランス調整をしたのではないかと思われるものも見受けられる（マッドドッグの「ＴＸジターバグ」、ウラヌスの「ゴッドボイス」、ストレイボウの「レッドケイジ」など）。
• 一部の技を覚えるレベルの変更。おぼろ丸、べる、アキラ、サンダウンなどで技を覚えるレベルや順序の入れ替えがある。
• ステータスが全面的に変更された都合で、SFC版でステータス増減の効果があった技の効果も変更になっている。
  もともと体減少(中)の効果があった「忍法カマイタチ」が、物防ダウン(中)・特防ダウン(中)の効果になったりと、だいたい元の技の効果を引き継いでいる。
• 一部の敵の使用スキルの変更。現代編のジャッキー・イヤウケアは、SFC版で使ってきた「突き」が「締めつけ」に変更されており、強化されている。
• 一部の敵の使用スキルの増加。SFC版では、敵は最大で4種類のスキルを使用するが、リメイク版では一部の敵が5種類のスキルを使用する。
  中世編ラストで戦うストレイボウはSFC版の4種類＋1種類を加えて5種類のスキルを使用してくる。
• 一部の技の射程・方向・範囲の変更。
  技の射程・方向・範囲は大半がSFC版のままなのだが、8方向全てに出せていた技が、正面3方向のみに変更されていることがある。
  例えば「旋牙連山拳」など、SFC版だと背面や側面方向にも出せたが、リメイク版では自動的に敵の方向を向いてから、つまり正面方向へ出すようになっている。
  スキルを出すキャラの向きが変更されるだけであるから、実質8方向に出せるようにはなっている。
  一方「マルチカウンター」は「あらゆる方向からの攻撃に反撃」と説明にある通り、背面や側面へ向けても攻撃できるままになっている。「アンチフィールド」も背面からの攻撃に反撃するので、反撃が絡む場合は変更されていないことが多いようである。
  また、出せる方向が増えたり減ったりした技もある。
  アキラの「ホーリーブロウ」は正面3方向に出せるようになっていたりする（SFC版は正面2方向のみ）。
  高原の「フランケン・シュタイナー」「トルネードプレス」は側面に出せなくなった。つまり現代編のグレート・エイジャも該当のスキルを側面には出してこない。
  ボスは大幅に変更されたスキルが幾つかある。西部編のディオの「ガトリング射撃」は方向が変更、現代編のオディ・オブライトの「アクロＤＤＯ」は射程・方向・範囲が変更されている。その代わりにタメ時間のある技に変更されたので、タメ時間中に阻止したり、範囲から逃げることができるようにもなっている。
• 技の依存ステータスが全面的に見直しになった模様。SFC版での技はそれぞれ依存ステータスと武器の攻撃力に依存するかどうかが決まっていたが、リメイク版では、力→物攻、体→物防、知→特攻、速→素早さ依存に変更された以外に、依存ステータスが増えている場合がある。詳細は▶基礎知識 > ステータスに記してある。
• その他、技でのダメージ量のランダムでのブレ度合いの変更などは、▶戦闘システムの調査を参照のこと。

行動異常

SFC版ではほぼ隠し要素であった、敵専用状態異常の「行動異常」がプレイヤーにわかる形で表示されるようになった。
SFC版では16種類あったが、リメイク版では停止、魅了、目眩、恐怖、混乱、興奮の6種類に整理されている。
専用アイコンあり。

行動異常アイコン

停止：
魅了：
目眩：
恐怖：
混乱：
興奮：

アイテム関係

• アイテムの前に、種類アイコンが表示されるようになった。
• アイテムにSFC版よりも詳しい説明テキストが追加された。
• 一部アイテムが削除された（幕末編の「城門の鍵」「かくれみの」、ＳＦ編の「コーヒー」など）。
  削除されたアイテムは、代わりにシステムに統合されていることが多い。例えば「コーヒー」はアイテム扱いされなくなって、キューブがコーヒーメーカーでコーヒーを作った時に頭の上に載せるというビジュアル面での変化でコーヒーの有無がわかるようになっている。
• 新規アイテム（幕末編の「菊一文字」と「美しい帯」）が追加された。
• 複数箇所に装備可能だった装備品のうち、装備箇所が変更された装備品がある。主に「右装備だが左にも装備ができる、ただし左に装備しても能力値変化がなかったり、ステータスダウンが起こる装備」は、右装備のみに変更されているようである。「なた（鉈）」「グラブ」などが該当。
• 「強化パーツ」の効果が『最大HP＋10、命中＋1、回避＋1』に変更。
• ステータスが全面的に変更された都合で、装備してステータス増減がある装備品については、変化するステータスが変更されている。とはいえ、速が変化する装備ならば素早さが同じ値だけ変更になるなど、SFC版の元のデータをだいたい引き継いでいる。
• 「老酒」「テキーラ」「バーボン」といった使うと酔い状態になる回復アイテムは、「鉄観音茶」「気付け薬」「薬草」といった別の名称のアイテムに変更。酔い・眠り状態を解除する回復アイテムになり、デメリットがなくなった。
• 確定ではないが、武器そのものに追加効果があった「ヨシユキ」（リメイク版は「陸奥守吉行」）と「ムラサメ」（リメイク版は「村雨」）については、追加効果が廃止されていると思われる（効果発動が全く見られない）。また、バトル開始時に特定の敵に対し行動異常を引き起こす効果についても廃止になったと思われる。本作では行動異常が起きた際にきちんと表示が出るが、該当装備を付けて戦っても、バトル開始時に行動異常になる敵がいない。
  ※SFC版での武器の状態異常追加効果解説と、ライブ・ア・ライブ（SFC版） 攻略メモ帳 > 戦闘関係 > 行動異常解説も参照のこと。

アイテムの種類アイコン
頭装備：
武器：
腕装備：
体装備：
足装備：
アクセサリー：
回復アイテム：
攻撃アイテム：
罠アイテム：
材料アイテム：
強化パーツ：
重要アイテム：

メニュー画面

• ユーザーインターフェースが一新された。SFC版ではシナリオによってメニュー画面の背景の柄とカーソルが変更されるようになっていたが、リメイク版ではシナリオにより配色が変更される。カーソルは全シナリオで統一。
• メニュー画面に、現在いる場所の地名が表記されるようになった。地名は本作で新たに設定されたものも多い。
  また、現在いる場所に合わせて、パーティメンバーの様子が画面右下に描かれるようになった。
• 装備画面に「おまかせ装備」コマンドが追加された。従来の「勝手に装備」は削除。ただしコマンドの効果（仕様）そのものは「勝手に装備」と変わらない。
• オプションが追加され、各種ゲーム設定が変更可能になった。詳細は▶設定を参照。

セーブの仕様

• 1つのセーブデータで各編を並行プレイ可能になった。
• セーブスロットが20に増えた。
• セーブ回数の記録は廃止。プレイ時間（各シナリオ毎のプレイ時間ではなくトータルのプレイ時間）と、セーブした日時が記録される。
• オートセーブ機能がついた。マップ切り替えでロードが入った後のタイミングなどで、オートセーブされる。
  これにより一部の場面で、取り返しがつかない事態に陥っても、オートセーブを読み込んで戻ることが可能になっている（幕末編で見えない落とし穴に落下した時、原始編で「モノな石」が取得できる洞窟で渡すアイテムを間違えた時、最終編で「テレポート」で心のダンジョンに飛ばされた直後など）。
• 中世編クリアデータ、最終編セーブデータの取り扱い変更。詳細は▶セーブを参照。

その他

細かい変更点はたくさんあるだろうが、代表的なものを以下にあげておく。
また、攻略上の変更点は攻略でも触れている。

全般

• セリフの修正（漢字表記に変更されたセリフは数多い。他にも語彙などちょっとした変更が見られる）。
  ちなみにSFC版でネタにされた「奥技」の誤字（正しくは「奥義」）はそのまま。敢えて修正していないのかもしれないが詳細は不明。
• 各シナリオでキャラクター（功夫編なら拳法の名前）の名付け時、ゲーム機本体またはプレイする端末の文字入力機能を使うため、文字種類や文字数がSFC版より緩和。ひらがな・カタカナ・アルファベット・数字・記号・漢字で入力でき、入力可能な最大文字数はシナリオによって異なる。ポゴの名前も漢字などが使える。
• フィールド移動時、上下左右だけではなく斜め方向への移動も可能になった（方向キー・L/左スティック両方で可能、L/左スティックだと方向を細かく調整できる）。このため移動距離の短縮が可能となっており、例えば西部編の時限イベントや最終編の時のダンジョンにて、多少なりとも時間短縮が可能となっている。
• フィールド移動時、味方が複数人の時の並び方は、一列に並んでの移動に変更。また、シンボルエンカウント時、敵シンボルとの当たり判定が先頭キャラのみに変更。
• フィールド移動時にレーダーが表示され、目的地やサブイベントの場所がわかるようになった。設定でON/OFF切り替え可能。
• 一部を除き、フィールドやダンジョンなどで、調べてアイテムが拾える場所（宝箱やタンス、ツボ、草むらなど）が光るようになった。
• 宝箱など「一方向から蓋を開いて中を調べる」ものについては、真正面から（画面下方向から上方向に向けて）調べないと開かないようになった。
• レーダーに加え、一部シナリオではマップも見られるようになった（幕末編、ＳＦ編、中世編、最終編）。
• SFC版ではゲーム内でほぼノーヒントだった、隠しボスに関するヒントがTIPSで見られるようになった。
• キャラのセリフ吹き出しに、発言しているキャラの名前が表示されるようになった。また、吹き出し内部に薄く背景（模様）が付くようになった。各シナリオで背景は異なる。
• シナリオ選択画面のシナリオの並び順が変更された。
• アイテムの並び替えや整頓が不可能になった。
• ZR/R2ボタン長押しでイベントスキップ、ZL/L2ボタンでセリフのオート切り替えができるようになった。
• BGMの流れるタイミングがSFC版から変更された箇所が幾つか存在する。また、演出上の意図と思われるが、BGMそのものが流れなくなった（効果音のみになった）箇所もある。
• SFC版にもあったサウンドルームが引き続き存在しているが、SFC版ではカットされていた一部楽曲も全て収録。また新たに曲名が付いた楽曲もある。
• BGM「魔王オディオ」にアレンジバージョン「魔王オディオに捧げる絶望のフーガ」追加。中世編ラスト以降、魔王オディオの登場シーンにて使用されている。また完全新曲が一曲使用されている。

戦闘

• 戦闘でチュートリアルやヘルプが表示されるようになった。設定でオフにすることもできる。
• 味方・敵とも戦闘中、待機状態でも細かくアニメーションするようになった（おそらく4パターン程度のドット絵をループして動かしている）。
• 近未来編、功夫編、原始編、中世編、最終編に、新たな敵パーティの組み合わせが追加された。一方で削除された敵パーティもある。また敵の数は同じでも配置が変更になった敵パーティも存在する。
• BREAK DOWN可能な戦闘時、LEADERの敵に旗のマークが表示されるようになった。
• BREAK DOWN可能な戦闘では、BREAK DOWNさせずに倒さないとアイテムを落とさない仕様が変更され、BREAK DOWNしても敵がアイテムを落とすようになった。
• 大型の敵がダメージフィールドを吸収して回復する際、SFC版では1マス分の回復量しか表示されないにもかかわらず、実際にはまたがっているマス目の数だけ回復していたが（いわゆる『超回復』）、リメイク版では正しい回復量が表示されるようになった。
• 経験値関係の仕様変更。SFC版では、戦闘中に行動したかどうかで取得経験値が変動したが、リメイク版では行動してもしなくても同じ量の経験値を得られる。取得経験値の計算方法はSFC版の仕様を引き継ぎつつ、計算式や敵パーティレベル（らしきもの）が修正されている。詳細は▶基礎知識 > 経験値で解説している。
• 戦闘中にスタートボタンでポーズをかける機能は廃止。
• 戦闘勝利時のメッセージが「勝利ッ！！」から「勝利…！！」に変更。
• 戦闘勝利時に勝利ポーズを取るようになった。

各シナリオ

シナリオ全体を通して、やや面倒・回りくどいと思われた部分のフラグ立てが簡略化されるなど、親切になった点が見受けられる。
フラグ立てがわかりやすくなった一方で、迷わせないようにという配慮からか、寄り道がしにくくなった箇所もある（近未来編で顕著）。
また、攻略上のヒントとなるセリフが新規で追加された箇所が幾つかあるのだが、それらにはボイスが付いていないことがほとんどである。

近未来編

• テレポートに失敗してちびっこハウスに飛んだ時にアキラのセリフが新規追加（ボイスはなし）。なお、妙子の風呂シーンに飛ぶパターンは削除され、新たに「洗濯機横の洗面台」「庭の手洗い場」「洗濯槽」が飛び先として追加。
• フラグ立てが変更され、ほぼ一本道の進行に変更（フラグを立て終えるまでちびっこハウスから出られなかったり、ブリキ大王起動失敗イベントが必須になる、など）。これに伴いアキラのセリフが幾つか追加（ボイスはなし）。
• アイテム改造ができる期間が延長され、筑波研究所クリア後からちびっこハウスが火災になるまでも可能になった。
• アイテム改造の仕様の一部変更。
  SFC版における「へんたいパール」はリメイク版で「おしゃれパール」と名称変更されたが、「へんたいパール」はアイテム改造が可能だったにもかかわらず、「おしゃれパール」はアイテム改造ができない。
  また、「妙子のヘソクリ」（SFC版における「妙子のパンツ」）のみ、改造した後にもう一度改造を頼むと「妙子のヘソクリ」に戻せるようになっている。
• ワールドマップの敵パーティ編成が一新され、アキラのレベルが13以上でも経験値を得られるように変更された。
• ブリキ大王操作時のワールドマップでの敵出現場所が一部変更。

ＳＦ編

• キャラクターにフルネームが設定される、コギトエルゴスム号の管理AIの名前が「デシム」、などといった細かい設定の追加。
• SFC版では、「キャプテンスクウェア」はエンディングクレジットに「ＰＲＥＳＥＮＴＥＤ　ＢＹ　ＡＲＵＭＡＴ　ＳＯＦＴ　２０９９」という表記があるので「2099年に発売されたゲーム」とされてきたが、リメイク版ではTIPSにて「キャプテンスクウェア」が「1994年9月2日に発売されたゲーム」に変更されている割にゲーム内クレジットに変更がないので矛盾が生じている（コギトエルゴスム号内の「キャプテンスクウェア」が2099年にリメイクされたバージョンなど適当な推測や説明はいくらでも可能であるが）
• 各キャラの個室にて調べられる場所が増えた。
• 「キャプテンスクウェア」のエレ・ミラージュ＆ピムリ戦の配置がSFC版とは全く別になった。
• ベヒーモスの挙動が全く別物になった。
• 「パワージャッキ」の使用回数がSFC版の10回から15回に増えた。また、扉が閉まる罠などが何度も起動しなくなり、「パワージャッキ」の使いすぎで詰む可能性がなくなった。
• 終盤、キューブが最初に名付けられた名前を聞かれた時にプレイヤーが忘れていた場合の救済手段ができた（任意で序盤のシーンを回想することが可能）。

幕末編

• アイテム「かくれみの」による隠れ蓑が、「隠れ身の術」という名称に変更。アイテム「かくれみの」は削除。
• 合言葉切り替えの鐘の鳴る間隔が1分から2分に変更。
• 合言葉を間違えた時の戦闘から逃げられるようになった（逃げると少し前の地点からやり直し）。
• 尾手城の構造の変更（城内の庭に川や橋ができたり、岩間さまの位置が変化したり）。
• 蔵のおきょうを倒しても、出入りすればひとだまが復活し続ける仕様に変更（初期のひとだまの数も3に増え、おきょうを倒した後は4になる）。
• 「カギ縄」を取れる場所が2ヶ所増え、0人斬りルートなどで時間短縮が可能になった。また、「カギ縄」が4個回収できるようになった都合上、五エ門を逃しても「カギ縄」の宝箱は復活しない。「カギ縄」を使う場所は4ヶ所で変更なしのためと思われる。
• 天草四郎戦で、倒さなければならないひとだまの数が8体から5体に変更。地下3階の構造自体も見やすくなり、ひとだまのシンボルが壁に隠れて見えなくなることがなくなった。
• 幕末編にワタナベイベントがもうひとつ追加された。詳細は▶基礎知識 > シナリオにて。
• 見えない落とし穴の位置が見た目で判別できるようになった。ただし「コイツぁタマゲタ」があるフロアなど、見た目でわからないままの場所もある。
• 落とし穴に落ちて落下する時に、おぼろ丸が普通に落下する以外に、宙返りしながら落下するパターンが見られるようになった（ランダムでどちらかが見られる模様）。
• 斬った人数により、幕末編エンディングで天候が変化するようになった。不殺（0人斬り）、100人斬り、それ以外の3パターン。
• 抜け忍バッドエンドルートで、炎魔の手の者との連戦が、SFC版の5連戦から、本作では4連戦に変更。

功夫編

• 功夫編の修業関係のバグを修正。修業後、弟子は各弟子の固有技を固有レベルで覚えると同時に、修業で覚えそこねた心山拳の技も一緒に覚えていくようになった。よって場合によってはレベルアップ時に弟子の固有技と心山拳の技を同時に2つ覚えることがある。
• キャラの初期装備の変更。心山拳老師、ユン、レイの左装備「鉄拳」が削除された（他はそのまま）。
• 修業後に竹林の虎が出現しなくなった（修業後に虎での無限レベル上げが不可能になった）。
• 義破門団の最後の部屋（12人衆＆オディワン・リーの部屋）で会話イベントが発生すると、部屋から出られなくなるように変更。

現代編

• 一度戦った格闘家との再戦が可能になった（5人目まで。6人目に戦った相手とは不可）。
• 現代編のワタナベイベントを見る条件が大幅に緩和され、見るのが容易になった。

原始編

• 匂いを嗅ぐシステム周りが変更。透明な敵シンボルがうろつくエリアにおいて、匂いを嗅いだ後に匂いに触れた時、「その匂いの敵シンボルが実際に居る場所」が小さな煙で表示されるようになり、更にその敵シンボル位置が一定時間レーダーにリアルタイムで表示されるようになったため、敵シンボルとのエンカウントが格段に楽になっている。
• 原始編で、材料アイテムを一挙に集めるための方法（ある種の隠し要素）がミニゲームに変更。
• 原始編、べるにアイテムを渡すイベントで、一部過激（？）だったシーンの内容が変更。また装備品をあげた場合に自動的に装備してくれるようになったが、不具合らしきものも見受けられる。詳細は▶原始編攻略 > べるにあげるアイテムと装備変更について
• 原始編の狩猟場や荒野などで、材料アイテム等が拾えるようになった。
• 原始編のフラグ立て変更により、べるの離脱タイミングが荒野北東の洞窟に入ったタイミングになったため、べるは戦闘回数が制限され、レベルは10前後までしか上げられなくなった。
• 原始編の最終盤、ゴリが合流しないと先に進めない演出が加わったり、クー族が連続で襲撃してくる場面でメスゴリラたちが加勢してくれるようになり戦闘回数が少なくなるなど、フラグ立てがわかりやすく、かつ簡略化。
• 原始編で、キングマンモーを探しやすくなった。姿は見えないが、接近すると足音が聞こえ、地面が揺れる。匂いでマンモスのアイコンが出るのはSFC版と同じだが、アイコンが出た時に鳴き声も聞こえるようになった。

西部編

• 「CRISTAL BAR」の名前が「CRISTAL SALOON」（クリスタルサルーン）に変更。他の建物にもそれぞれ名称が付いた。ウェイン夫人にも「ダラス」という名前が付いた。
• 序盤で、アニーの部屋に入った時にアニーが着替え中だったシーンが、アニーが書き物をしているシーンに変更。
• 「マスターポスター」を入手する手順が簡略化。SFC版では事前にアニーの部屋のタンスを調べておく必要があったが、リメイク版では必要なくなり、マスターの部屋のタンスを調べるだけで「マスターポスター」が手に入るようになっている。
• 罠を仕掛ける時間制限イベント時、経過時間（鐘がいくつ鳴ったか）が表示されるようになった。
• 罠を頼む街の人たちそれぞれに、仕掛けるのが得意なアイテムが設定され、得意なアイテムを頼むと罠を仕掛ける時間が短くなるようになった（一部、得意なアイテムが設定されていないキャラもいる）。またキャラごとの仕掛ける時間の設定も変更されている。

中世編

• 序盤、行き先についてストレイボウが3ヶ所でヒントをくれるようになった（攻略上必ず見られるのは1ヶ所。またいずれもボイスはなし）。
• 中世編で宝箱などを回収した場合、対応した場所のアイテムが最終編ではなくなる仕様が廃止された（中世編で宝箱などを取っても、最終編で復活している。それぞれのシナリオで中身が異なるのは、SFC版と同様）。
• ハッシュをパーティに加えた後、ハッシュの小屋の開いた宝箱を調べると「脱いだ服」を回収できるようになった。
• 魔王撃破後に城を追い出されファミリオの村でフラグを立てた後、城へ戻ると捕まり話が進むようになっていたが、魔王山に入って出た時にも捕まるようになった。

最終編

• 最終編にえらんだ主人公の装備している装備品だけではなく、仲間の装備品（一部例外あり）、所持している装備品と攻撃アイテムを最終編に持ち込めるようになった。詳細は▶アイテム > 最終編へのアイテム持ち込みについてを参照。
• オルステッド主人公時の使用キャラ及び敵対キャラの仕様が変更。使用キャラのステータスは、各シナリオのラストバトルでのステータスではなく、最終編仕様のステータスに変更。また敵対キャラは、各シナリオクリア時のステータスは一切反映されず、一定レベルのステータスのキャラと戦う。このため、SFC版のように、ポゴやおぼろ丸を育てすぎて倒せない、という詰みはなくなった。
• キューブを仲間にするために必要なバッテリーの落ちている位置が少し変更。山小屋へ行くルートから見える程度の場所で常に光っているため、SFC版よりわかりやすくなっている。
• サンダウンを仲間にする時の手順が簡略化。
• サモを仲間にする時に与える回復アイテムの数が減った。
• 功夫編で心山拳師範をレベル16以上に上げてクリアした場合、最終編開始時に「旋牙連山拳」を習得済みになった（▶功夫編攻略 > おまけ・レベル16の弟子の修業も参照）。
• ランダムエンカウントで登場する敵パーティが追加された。また、SFC版では経験値をくれなかった一部のザコ敵（ポワッシーやティタンブラッド、バロクレストなど）が経験値をくれるようになった。ダンジョンでは少し強い敵パーティが出現するのはSFC版と変わらないが、リメイク版では通常＜魔王山＜その他のダンジョンの順で強い敵が出るなど、敵パーティの出現パターンを含めて、大幅に刷新されている。詳細は最終編攻略に記してある。
• ダンジョンの一部に宝箱追加（鍵のダンジョンに2個、本能のダンジョンに1個）。中身はどれも新規アイテムではない。
• 各キャラ固有ダンジョンの仕様が一部親切になった。最奥で最終武器を取るとダンジョンの外までワープできる機能が付いたり（一部ダンジョン除く）、鍵のダンジョンでどの鍵を回収済みかわかりやすくなったり、技のダンジョンで、どの岩をどの技で割るのかヒントが出たり、通路側からも岩が破壊可能になった、など。
  一方で時のダンジョンは鐘の鳴る間隔がSFC版より短くなっており、SFC版より難易度が上がっている。
• ベストエンドルートで、ラストボス戦にもう一戦ボス戦が追加。
• ベストエンド時、ラストボスへ主人公が一言かける時の演出（視点がSFC版とは異なる他、各キャラに詳細なモーションが追加）。
• ベストエンド時、西部編ラストの選択肢で2パターンのシーンが見られるが、決闘から逃げるルートの時は、SFC版とは少し内容が変わっている。また、功夫編パートの演出も少し変更。
• ベストエンド後、タイトル画面のデモが一部変化するようになった。